用试管婴儿也有可能发生宫外孕。因为从精卵受精到胚胎着床通常需要6-7天，如果胚胎在受精的第3天被移植到子宫腔内，它将在子宫腔内自由游动3-4天，然后一头扎进子宫内膜。
在这几天里，胚胎可能会游荡到输卵管，并在局部着床，发生输卵管妊娠，或宫外孕。
宫外孕植入的最可能原因是输卵管。可能的原因是子宫环境不良、输卵管炎症、或输卵管功能异常。试管婴儿中宫外孕的概率为2-5%。
与宫外孕有关的危险因素主要有以下几个方面。
1.盆腔和输卵管因素。盆腔因素包括盆腔炎症、支配输卵管蠕动的激素紊乱、子宫腔环境不良等。其中以盆腔炎最为常见，如盆腔炎的后遗症，包括输卵管炎、子宫内膜炎、子宫内膜异位症、结核性盆腔炎等。
2. 胚胎因素。目前辅助生殖技术的质量标准是生育一个足月的健康婴儿，尽量减少双胎妊娠，杜绝三胎妊娠的分娩。如果移植2个或更多的胚胎，胚胎游走到输卵管的机会就会增加。选择性的单胚胎移植策略也可以减少合并宫内妊娠和宫外孕的风险。
3. 体内的荷尔蒙环境。体内雌激素、孕激素和雄激素的不平衡会影响输卵管的功能和子宫腔环境。排卵障碍，如多囊卵巢综合征和无排卵性异常子宫出血，特别是在试管婴儿刺激周期，激素水平远远高于正常水平，可能影响受精卵的正常受孕，增加宫外孕的风险。